Filtración de cuna
C0filtración de t, o CF, es una técnica que utiliza los principios de la DNA () cinética de la renaturalizacióni.e. Análisis de la cuna) para separar el ADN repetitivo secuencias de que dominan muchos eucariotas genomas de secuencias de baja/solo-copia "gene-rico".[1][2] Esto permite que la secuencia de la DNA para concentrarse en las partes del genoma que son más informativo e interesante.
Contenido
- 1 Concepto
- 2 Aplicación
- 3 Véase también
- 4 Referencias
- 5 Enlaces externos
Concepto
Brevemente, cuando deforma genomic DNA en solución es calefacción a cerca de temperatura de ebullición, la molecular fuerzas sosteniendo complementarios pares de bases juntos se interrumpen y los dos filamentos de cada uno doble hélice disociar o 'desnaturalizar'. Si el desnaturalizado ADN se volvió lentamente a un refrigerador temperatura, secuencias comenzará a 'reassociate' (renature) con los filamentos complementarios.
La temperatura en que renaturalización se produce puede ser regulado por lo que se tolera muy poco o ningún desajuste de secuencia. La tasa a la que una secuencia encuentra un filamento complementario con el que hibridar está directamente relacionado con cómo común es la secuencia en el genoma. En otras palabras, las secuencias que son muy abundantes (en promedio) encuentran hebras complementarias que par relativamente rápidamente mientras solo copia las secuencias toman mucho más tiempo para encontrar complementos.
En la FQ, la DNA de genomic es desnaturalizado por el calor y permitir que renature a un Valor de cuna (Cot = ADN concentración x tiempo x un factor basado en la cación concentración del buffer) en el que la mayoría de elementos repetitivos ha reassociated pero solo baja-copia elementos permanecen varados solo. Doble hebra, ADN repetitivo está separada de monocatenario, ADN copia baja por hidroxiapatita cromatografía de o por otros medios.
Aplicación
CF permite que las secuencias de copia única y baja y las secuencias repetitivas del genoma a estudiarse independientemente uno del otro. Puede utilizarse también para fraccionar la DNA altamente repetitiva de secuencias moderadamente repetitivas o para fraccionar aún más aislados los componentes cinéticos. CF se realiza con más precisión si fraccionamiento se basa en los resultados de un análisis de Cot.
Véase también
- C0Análisis de t
Referencias
- ^ DG de Peterson (2005) estrategias de representación reducida y su aplicación a planta genomas. En: Manual de la planta genoma Mapping: mapeo genético y físico. Editado por: Meksem K, Kahl G. WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim, Alemania. PP. 307-335.
- ^ Lamoureux D, Peterson DG, Li W, Fellers JP, Gill BS (2005) la eficacia de enriquecimiento del gen Cot-basado en trigo (Triticum aestivum L.). Genoma de 48:1120-1126.
Enlaces externos
- Cuna basada en la clonación y la secuenciación Laboratorio de cartografía del genoma de la planta
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