Secuenciación por hibridación
Secuenciación por hibridación es una clase de métodos para determinar el orden en que se producen nucleótidos en una hebra de DNA. Generalmente se utilizan para buscar pequeños cambios en relación con un conocido Secuencia de la DNA. La Unión de una sola hebra de ADN a su cadena complementaria en el ADN de doble hélice (también conocido como hibridación) es sensible a las discrepancias incluso solo-base cuando la región híbrido es corta o si hay desajuste especializada detección proteínas. Esto se explota en una variedad de formas, más notable a través de DNA chips o microarrays con miles y miles de millones de sintético oligonucleótidos encontrado en el genoma de interés además de variaciones conocidas muchas o incluso todas posibles variaciones de la solo-base.
El tipo de secuenciación por hibridación descrito en gran parte ha sido desplazado por otros métodos, incluyendo la secuenciación por síntesis, y secuenciación por ligadura (así como métodos basados en el poro). Sin embargo todavía se utiliza hibridación de oligonucleótidos en algunos esquemas de la secuencia, incluyendo asistida por hibridación secuenciación basada en poro e hibridación reversible.
Ejemplos de sistemas comerciales
- Affymetrix (verdadero secuenciación por hibridación)
- NABsys (asistida por hibridación secuenciación basada en poros)
- Completa Genomics Inc. (reversible-hibridación de sondas que llame una sola base con cada hibridación)
Véase también
- Secuenciación por ligadura
Referencias
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Este artículo incluye un lista de referencias, relacionados con la lectura o enlaces externos, pero sus orígenes no quedan claros porque carece de citas en línea. (Julio de 2012) |
- Preparata FP, Upfal E. secuenciación por hibridación en el límite de la teoría de la información: un algoritmo óptimo. J Comput Biol 2000; 7(3-4):621-30. PMID 11108482
- Drmanac R et al. Secuenciación por hibridación (SBH): ventajas, logros y oportunidades. ADV Biochem Eng Biotechnol. 2002; 77:75-101. PMID 12227738
- Hanna GJ et al. Comparación de secuencias por hibridación y ciclo de secuenciación para la genotipificación del Virus de inmunodeficiencia humana tipo 1 de la transcriptasa reversa. J Clin Microbiol. Julio de 2000; 38(7): 2715-2721. PMID 10878069.
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