caBIG

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caGrid
CaGrid.png
Desarrollador (s) NCI Centro de Informática Biomédica y tecnología de la información (CBIIT), la Universidad Estatal de Ohio Fundación de investigación del Universidad de Chicago - Laboratorio Nacional ArgonneSemanticBits LLC, Ekagra Software Technologies
Tipo La informatización en red, Servicio Web
Licencia 3-cláusula de BSD
Sitio web cagrid.org

El cáncer (red informática biomédicacaBIG) era un programa del gobierno estadounidense para desarrollar un fuente abierta, denominado red de información de acceso abierto caGrid para el intercambio seguro de datos en la investigación del cáncer. La iniciativa fue desarrollada por el Instituto Nacional del cáncer (parte de la Institutos nacionales de salud) y fue mantenida por el centro de Informática Biomédica y tecnología de información (CBIIT). En 2011 un informe sobre caBIG planteó preguntas importantes sobre la efectividad y la supervisión, y su presupuesto y su alcance fueron recortados significativamente. En mayo de 2012, el programa nacional de informática de cáncer (NCIP) fue creado como programa sucesor de caBIG.

Contenido

  • 1 Historia
  • 2 Tecnología de la información de salud
  • 3 Colaboraciones
  • 4 Implementación
    • 4.1 Código abierto
    • 4.2 Resultados
    • 4.3 Crítica
  • 5 Referencias
  • 6 Lectura adicional
  • 7 Enlaces externos

Historia

El Instituto Nacional de cáncer (NCI) de Estados Unidos financia el iniciativa de la red informática biomédica (caBIG) en la primavera de 2004, encabezado por Kenneth Buetow el cáncer.[1] El objetivo era nos conectan los investigadores del cáncer biomédica utilizando tecnología conocida como la informatización en red. El programa, liderado por el centro de Bioinformática y tecnología de información (CBIIT), comenzó con una fase piloto de tres años. La fase piloto concluyó en marzo de 2007, y se anunció un juicio.[2] Buetow promovió el programa en 2008.[1][3]

Además de caGrid, la infraestructura subyacente para datos de intercambio entre organizaciones, caBIG desarrollado herramientas de software, políticas de intercambio de datos y normas comunes y vocabularios para facilitar intercambio de datos.

Herramientas de software dirigida:

  • Recolección, análisis y gestión de datos de la investigación básica
  • Ensayos clínicos gestión de inscripción de pacientes a acontecimiento adverso informes y análisis
  • Colección, anotación, intercambio y almacenamiento de proyección de imagen médica datos
  • Gestión de muestra biológica

caBIG tratado de ofrecer tecnología fundamental para un enfoque biomédico que llama un "aprendizaje sistema de salud."[4] Esto se basa en el intercambio rápido de información entre todos los sectores de investigación y atención, para que los investigadores y médicos puedan revisar colaborativamente y precisa incorporar los últimos hallazgos en su trabajo. El objetivo final era acelerar el proceso de la investigación biomédica. También fue promovida por lo que se llama a menudo Medicina personalizada. caBIG tecnología fue utilizada en adaptable ensayos clínicos como la investigación de estudios seriados para predecir su respuesta terapéutica con imágenes y análisis molecular 2 (I-SPY2), que fue diseñado para utilizar biomarcadores para determinar el tratamiento adecuado para las mujeres con avanzada cáncer de mama.[5]

Tecnología de la información de salud

Tecnología de la información de salud (golpe) fue promovida para la gestión y el intercambio seguro de información médica entre investigadores, proveedores de atención médica y los consumidores. ÉXITO iniciativas mencionar caBIG fueron: NCI y el Sociedad Americana de oncología clínica inició una colaboración para crear una específica de Oncología registros electrónicos de salud sistema utilizando caBIG estándares de interoperabilidad y permitirá oncólogos gestionar la información del paciente en formato electrónico que capta con precisión los problemas específicos de interventional únicos a la oncología. El Red de información de salud a nivel nacional fue una iniciativa para compartir datos clínicos del paciente a través de fuentes dispares geográficamente y crear intercambio de información de salud nacional vinculados electrónicamente. Que puede estar relacionado de alguna manera.

Colaboraciones

Un gran consorcio de salud fue formado en 2008 para promover la medicina personalizada, pero se disolvió en 2012.[6] En julio de 2009, caBIG anunció una colaboración con la República Dominicana. Susan Love Fundación de investigación para construir a una línea cohorte de mujeres dispuestas a participar en ensayos clínicos.[7] Llamado el ejército de mujeres, tenía una meta de 1 millón en su base de datos; en diciembre de 2009 el sitio fue "lanzadas" y unos 30.000 mujeres y hombres se inscribieron para el año 2010.[8]

El Cancer Genome Atlas se pretende caracterizar más de 10.000 tumores a través de al menos 20 cánceres en 2015. caBIG proporciona conectividad, estándares de datos y herramientas para recopilar, organizan, compartan y analizan los datos de diversas investigaciones en su base de datos. Desde 2007, NCI trabajó con Reino Unido Instituto Nacional de investigación de cáncer (NCRI). Ambas organizaciones comparten tecnologías para la investigación colaborativa y el intercambio seguro de datos de la investigación utilizando caGrid y el intercambio de información de Oncología NCRI (ONIX) portal web anunció en agosto de 2009.[9] ONIX cerró en marzo de 2012.[10] El Duque Cancer Institute utiliza herramientas de ensayos clínicos caBIG en su colaboración con la Universidad de Beijing Cancer Hospital de Pekín.[11]

screen shot
Captura de pantalla del portal circa 2008

Implementación

El proyecto pretende conectar 65 centros de cáncer designado por el NCI para permitir la investigación colaborativa. Instituciones participantes pueden "adoptar" caBIG herramientas para compartir datos directamente a través de caGrid o "adaptar" comercial o en software desarrollado para ser compatible con caBIG. El programa caBIG kits de desarrollo de software (SDK) para herramientas de software interoperables e instrucciones sobre el proceso de adaptar herramientas existentes o desarrollo de aplicaciones para ser compatible con caBIG.

El programa Enterprise Support Network incluyó específicos del dominio conocimientos y proveedores de servicios de apoyo, terceros organizaciones que proveen ayuda sobre una base de contrato de servicios.[12] Un portal web que usa el Liferay el software era disponible a partir de 2008 a 2013.[13]

Código abierto

Desde el año 2004, se utilizó el programa caBIG fuente abierta comunidades, adaptadas de otras asociaciones público-privadas. El programa de caBIG producido software bajo contrato a los equipos de desarrollo de software en gran parte dentro de la comunidad de investigación comercial.[citación necesitada]

En general, el software desarrollado bajo contratos del gobierno de Estados Unidos es propiedad de los contribuyentes de Estados Unidos y el gobierno de Estados Unidos. Según los términos de contratos específicos, podrían ser accesibles solamente por solicitud bajo la Freedom of Information Act (FOIA). La puntualidad de la respuesta a esas peticiones podría impedir que un solicitante siempre ganando cualquier valor secundario de software liberado bajo una solicitud FOIA.

El programa de caBIG coloca el caBIG todo el software en un repositorio de software libremente accesibles para su descarga. Código abierto significa que cualquiera puede modificar el software descargado; Sin embargo, la concesión de licencias aplicadas al software descargado permite una mayor flexibilidad que es típico. Un individuo o empresa puede contribuir el código modificado volver al programa de caBIG pero no está obligado a hacerlo. Asimismo, las modificaciones pueden hacerse disponibles como código abierto pero no están obligadas a hacer disponible como código abierto. Incluso las licencias de caBIG permite el uso de las caBIG aplicaciones y componentes, combinados con las adiciones y modificaciones, para ser lanzado como productos comerciales. Estos aspectos del programa de caBIG en realidad fomentar la comercialización de tecnología caBIG.

Resultados

En 2008, GlaxoSmithKline anunció que compartiría datos genómicos de la célula de cáncer con caBIG.[14] Algunas empresas privadas afirmaron se beneficia de la tecnología caBIG en 2010.[15]

Un sitio web de caGrid comunitario fue creado en 2007.[16] La versión 1.x del software base se ha añadido un GitHub proyecto en mediados de 2013, bajo la 3-cláusula de BSD licencia.[17] Utilizó versión 4.03 de la Globus Toolkity el Banco de trabajo Taverna sistema para administrar el flujo de trabajo y la Business Process Execution Language.[17][18][19] Software llamado introducir fue desarrollado alrededor de 2006.[20] Colaboradores incluidos la Universidad Estatal de Ohio Centro clínico ciencia traslacional y privado empresas Ekagra Software Technologies y pedacitos de semántica.[16]

Crítica

En 2008, algunos cuestionan si el programa estaba beneficiando a las grandes empresas farmacéuticas.[21] Para el 2011, el proyecto había pasado un estimado $ 350 millones.[22] Aunque la meta era considerada laudible, gran parte del software irregularmente fue adoptada después de ser desarrollado a expensas de competir con las ofertas comerciales. En marzo de 2011, un NCI gravamen del grupo de trabajo concluyó que caBIG ".. .expanded más allá de esos objetivos para implementar una empresa de software excesivamente complejo y ambicioso de herramientas marca NCI, especialmente en el espacio del sistema de gestión de ensayo clínico (CTMS). Estos han producido limitada tracción en la comunidad de cáncer, compitan contra proveedores comerciales establecidos y crean financieramente insostenibles compromisos a largo plazo de mantenimiento y soporte para el NCL".[2] En 2012, el NCI anunció un nuevo programa, el programa nacional de informática de cáncer (NCIP) como sucesor al caBIG.[23][24][25]

Referencias

  1. ^ a b Kenneth Buetow (01 de abril de 2008). "Hacia el estrellato". El científico 22 (4). 60 p.. 09 de septiembre de 2013.
  2. ^ a b Consejo de científicos asesores de grupo de trabajo especial (03 de marzo de 2011). "Una evaluación del impacto de la red de Informática Biomédica NCI Cancer (caBIG ®)". Instituto Nacional del cáncer. Retrieved 04 de octubre de 2011.
  3. ^ Laurie Wiegler (14 de julio de 2008). "La comunidad del cáncer caBIG tiempo de conexión". Bio es mundo. 10 de septiembre de 2013.
  4. ^ "Un sistema sanitario aprendizaje para curar el cáncer".
  5. ^ Barker AD, Sigman CC, presentes GJ, Hylton NM, Berry DA, Esserman LJ (julio de 2009). "Espía 2: un diseño de ensayo cáncer de mama adaptativa en el ajuste de la quimioterapia neoadyuvante". Farmacología clínica y terapéutica 86 (1): 97 – 100. Doi:10.1038/clpt.2009.68. PMID19440188.
  6. ^ "Consorcio de salud grande". Archivado de el original el 13 de febrero de 2009. 10 de junio de 2013.
  7. ^ Edyta Zielinska (22 de julio de 2009). "NCI aborda juicio la inscripción". El científico. Retrieved 04 de octubre de 2011.
  8. ^ "La salud del estudio de las mujeres". Ejército de la página web del Women. Programa archivado de la original en 30 de mayo de 2010. Retrieved 04 de octubre de 2011.
  9. ^ "NCRI lanza portal de investigación de cáncer en línea libre de ONIX". Oncología veces UK. De agosto de 2009. p. 4.
  10. ^ "Iniciativa Informática NCRI". NCRI. 10 de septiembre de 2013.
  11. ^ "Duke desempeña un papel importante en un proyecto nacional para mejorar el tratamiento del cáncer". Notas del centro de cáncer (Duke Comprehensive Cancer Center). Marzo de 2004. p. 6.
  12. ^ "Red de apoyo empresarial".
  13. ^ "Puerta al red informática biomédica el cáncer". Antiguo portal web. Archivado de el original el 07 de septiembre de 2008.
  14. ^ "GlaxoSmithKline colabora con el Instituto Nacional del cáncer que gran cuerpo de datos genómicos de la célula de cáncer esté disponible para todos los investigadores del cáncer". Comunicado de prensa (cáncer de célula de datos genómicos disponibles). Archivado de el original el 27 de junio de 2008. 10 de junio de 2013.
  15. ^ "Un inesperado y fortuito sinergia: BIGR ® y caBIG ®". Sitio web de la empresa. HealthCare IT, Inc. archivados desde el original el 18 de octubre de 2010. 10 de junio de 2013.
  16. ^ a b "CaGrid". Sitio web. Programa archivado de la original en 01 de julio de 2007. 10 de septiembre de 2013.
  17. ^ a b "Bienvenido a la caGrid proyecto". 09 de septiembre de 2013.
  18. ^ Wei bronceado; Paolo Missier; Ravi Madduri; Ian Foster (2009). "construcción científica Workflow con Taverna y BPEL: un estudio comparativo en caGrid". ICSOC 2008 seminario sobre computación orientada a servicios 5472:: 118 – 129. Doi:10.1007/978-3-642-01247-1_11.
  19. ^ Wei bronceado; Ian Foster; Ravi Madduri (noviembre – diciembre 2008). Combinando el poder de Taverna y caGrid: flujos de trabajo científicos que permiten la colaboración Web-escala 12 (6). págs. 61-68. Doi:10.1109/MIC.2008.120.
  20. ^ Shannon Hastings, Scott Oster, Stephen Langella, David Ervin, Tahsin Kurc y Joel Saltz (diciembre de 2007). "Introducir: un conjunto de herramientas Open Source para el desarrollo rápido de servicios Grid inflexible". Diario de la informatización en red 5 (4): 407-427. Doi:10.1007/s10723-007-9074-8.
  21. ^ Gareth Halfacree (23 de junio de 2008). Bit-Tech "investigación del cáncer va abierta". 10 de junio de 2013.
  22. ^ John Foley (08 de abril de 2011). "Informe de blastos plagada de problema cáncer investigación Grid". Semana de información. 10 de junio de 2013.
  23. ^ Uduak Grace Thomas (20 de abril de 2012). "NCI reorganiza cáncer informática esfuerzos; Cortes de algunos programas caBIG, se mueve otros CNPI". BIOINFORM. 25 de abril de 2012.
  24. ^ George A. Komatsoulis. "Anuncio de programa". Instituto Nacional del cáncer. Archivado de el original el 30 de julio de 2012. 10 de junio de 2013.
  25. ^ Harold Varmus. "Acerca de la CNPI". Instituto Nacional del cáncer. 09 de septiembre de 2013.

Lectura adicional

  • Abernethy Rowe AP, Coeytauz R, K, Wheeler JL, Lyerly HK. Captura de datos electrónicos informado por el paciente como la Fundación de un sistema de salud de aprendizaje. JCO. 2009; 27:6522.
  • Buetow KH. caBIG: prueba de concepto para la atención personalizada del cáncer. JCO. 2009:27 15S:e20712 Suppl.
  • ME Holford, Rajeevan H, Zhao H, Kidd KK, Cheung KH (2009). "Web-based integración semántica de cáncer vías y datos de la frecuencia del alelo". Cáncer informática 8:: 19 – 30. PMC2664696. PMID19458791.
  • Huang T, Shenoy PJ, Sinha R, Graiser M, topes KW, flores CR (2009). "Desarrollo de la base de datos de linfoma empresa arquitectura: un caBIG(tm) de plata nivel compatible con sistema". Cáncer informática 8:: 45 – 64. PMC2675136. PMID19492074.
  • Kunz MC Lin, Frey L (2009). "Asignación de metadatos y su reutilización en el caBIG". BMC Bioinformatics. 10 Suppl 2: S4. Doi:10.1186/1471-2105-10-S2-S4. PMC2646244. PMID19208192.
  • Ohmann C, Kuchinke W (2009). "Evolución del futuro de la informática médica desde el punto de vista de la investigación clínica en red. Interoperabilidad e integración". Métodos de información en medicina 48 (1): 45 – 54. Doi:10.3414/me9137. PMID19151883.
  • Phan JH, Moffitt RA, Stokes TH, et al. (Junio de 2009). "Convergencia de biomarcadores, bioinformática y nanotecnología para el tratamiento del cáncer individualizado". Tendencias en biotecnología 27 (6): 350 – 8. Doi:10.1016/j.tibtech.2009.02.010. PMID19409634.
  • Staes CJ, Xu W, LeFevre SD, et al. (2009). "Un caso para el uso de arquitectura de red de informática de la salud pública estatal: la perspectiva de Utah". BMC informática médica y toma de decisiones 9:: 32. Doi:10.1186/1472-6947-9-32. PMC2707374. PMID19545428.
  • Peter A. Covitz, Frank Hartel, Carl Schaefer, Sherri De Coronado, Gilberto Fragoso, Himanso Sahni, Scott Gustafson y Kenneth H. Buetow (23 de abril de 2003). "caCORE: una infraestructura común para informática de cáncer". Bioinformática 19 (18): 2404 – 2412. Doi:10.1093/Bioinformatics/btg335.
  • "La salud que se vuelve personal" InformationWeek (13/11/09)
  • "Datos de salud en la materia prima" Salud Gobierno IT (06/11/09)
  • "NCI para abrir la red de investigación al paciente con cáncer 'ejército'" Salud Gobierno IT (09/10/09)
  • "GridBriefing: el futuro de la salud - eSalud y Grid Computing," GridTalk (9/09)
  • "Colaboración y sostenibilidad son frente y centro como caBIG celebra quinto aniversario" Publico.es/BioInform (7/09)
  • "Compartir la riqueza de datos" Scientific American (5/09)
  • "La investigación traslacional impulsa la demanda de 'Virtual' biobancos construido en herramientas de caBIG" Publico.es/BioInfom (03/04/09)

Enlaces externos

  • caBIG sitio web de consumidores y usuarios (no técnicas)
  • caBIG sitio web de comunidad (técnico)

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